Après Mirai Nikki Mosaic, qui narre les aventures de Minéné Uryû (la propriétaire N° 9), Sakae Esuno nous propose de redécouvrir l'aventure haletante des propriétaires de chronographes à travers un paradoxe temporel. Suite à une négligence de Murmur, Yuno n'intègre pas le jeu de Deus et ne peut donc pas protéger Yukiteru qui est abattu par le numéro 3 ! Le temps de réparer son erreur, Murmur confie temporairement le « journal fourre-tout » à Aru, mais rien ne va se passer comme prévu...