Ce mouvement a subi, pendant la Seconde Guerre mondiale, l'épreuve la plus terrible de son histoire. Il est persécuté par le régime de Vichy et par l'occupant, mais une solidarité maçonnique s'organise dans les camps et les prisons. Les loges continuent à se réunir dans la clandestinité pour participer à la lutte, mais le réveil après la guerre sera difficile.